无规律地大量服用左旋肉碱有许多副作用：它会损害肝功能，因此肝功能异常者不能服用；此外，它还会影响我们的性欲，易患心律不齐；此外，它还会引起腹泻，引起患者性欲减退和注意力不集中。许多妇女都认为左旋肉碱可以减肥，事实上，只有当运动量大的时候，服用它才有助于减肥。充分的锻炼仍然是减肥的关键，而肉碱只是一个辅助工具。假如运动不多，比如通过简单的节食来减肥，服用L-肉碱对减肥没有效果。