长时间使用他克莫司软膏也会产生一些副作用，例如使用该药后，可能会有烧灼感，或是刺痛，局部出现瘙痒，有的还会引起过敏反应，有的还会有耳部不适、大肠炎等，有的人使用后不会有任何不适反应，但是有的人使用后可能会出现不良反应。使用此药时要谨遵医嘱服用，如果出现不良反应，应在医生的指导下停药，再用其他药物代替。