1.杀菌工艺不同，众所周知，牛奶在出厂之前要进行杀菌处理，以确保饮用健康放心。但巴氏奶和常温牛奶的一大区别在于杀菌工艺的不同。巴氏奶：巴氏灭菌法，在60~90℃时，牛奶经过一定时间的加热，就可以杀死牛奶中的微生物，从而大大保留了牛奶的风味。常温牛奶：超高温瞬间消毒，即在135~150℃超高温下短时间停留2~3秒即可达到消毒效果。
2.口味：巴氏牛奶优于普通牛奶，巴氏奶和常温牛奶都是用加热来杀灭细菌的热处理方法，因此在某种程度上会破坏一些热敏性营养素。但是，因为常温牛奶经过了更严格的热处理，它在杀死更多细菌的同时，不可避免地“牺牲”了相对较多的营养素，如一些维他命和可溶性蛋白。从营养成分和口味来看，巴氏奶确实比常温牛奶好一点。
3.价格与甜度方面：常温奶优于常温奶，以牺牲营养成分为代价，换得储存方便，价格低。这款产品的保存期不仅与巴氏奶相同，而且保存期要比普通牛奶长得多(超过90天的常温牛奶，约7天)。常温牛奶一般价格略低于巴氏奶，因为贮存、运输过程中保存时间更长，且无需冷藏。