赛克硝唑胶囊常见的副作用就是会出现口腔金属异味，也有一些患者在服用了这款药物之后，出现消化道的不良反应，比如说出现恶心呕吐和腹泻腹痛的症状。也有一些患者会存在皮肤的过敏反应，比如说在服药之后皮肤出现皮疹和荨麻疹，还有皮肤瘙痒的症状。此外还会出现深色尿和白细胞减少，通常这些症状在停药之后就会恢复正常，也有一些罕见的不良反应就是会出现眩晕和头痛，还有中度的神经功能紊乱。