赛克硝唑胶囊与奥硝唑的主要区别就是适应症的不同。其中奥硝唑主要针对于厌氧菌感染方面的治疗，能够对于因为厌氧菌感染所引起的局部感染，比如说腹腔和妇科还有手术创口和皮肤软组织以及肺胸腔等部位感染，还有败血症和肠道，还有泌尿生殖系统毛滴虫的感染，还有肠道和肝阿米巴病都有很好的治疗作用。而赛克硝唑胶囊主要用于阴道毛滴虫所引起的尿道炎和阴道炎，还有肠阿米巴病以及肝阿米巴病，还有贾弟鞭毛虫病的治疗。