螺旋藻含有苯丙氨酸，对于有代谢性毛病的苯丙酮尿症病患来说，由于他们的身体不能代谢这种氨基酸，应避免进食含螺旋藻的食物，以免苯丙氨酸在脑内积累，造成损害。而且，蓝藻生物皆含有神经毒素BMAA（β-N-methylamino-L-alanine），BMAA已证实会对动物产生强烈的毒性，加速动物脑神经退化、四肢肌肉萎缩等等，小量BMAA积累已能选择性杀死从老鼠的神经元。这些物质，在螺旋藻的生产中，一旦加工出现问题，就会有残留，危害健康。