由于普通纯度低的鱼油中含有很多无用甚至有害的杂质，如胆固醇、饱和脂肪酸和其他单不饱和脂肪酸，导致保健作用大打折扣。此外，鱼油中的有效成分欧米伽-3不饱和脂肪酸的含量决定了鱼油产品的疗效，即鱼油中欧米伽-3有效成分纯度越高，吸收越好，疗效也越好。特别是90%高纯度深海鱼油更是得到了充分的临床证实。 在国际脂肪酸及脂质研究学会官方期刊《PLEFA》上的一项随机对照双盲试验中，101名受试者分为三组，每天服用不同纯度的鱼油，分别为
9.2ml　71%欧米伽-3纯度，
7.75ml　
88.5%欧米伽-3纯度和
7.25ml　
93.5%欧米伽-3纯度，保证所有受试者EPA+DHA摄入量均为
5.1g。该研究持续了14天，结果显示，服用同样总量但纯度不同的欧米伽-3效果迥然不同。服用少量的高纯度鱼油的受试者相比服用更多量的低纯度鱼油的受试者，血浆中欧米伽-3含量更高。也就是说，多吃几颗低纯度的鱼油，依然比不上吃一颗高纯度鱼油的效果。