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慢性肠炎可能引发营养不良、肠道病变甚至癌变风险。
长期肠道炎症会导致黏膜损伤，降低营养吸收能力。患者常出现蛋白质、维生素B12和铁元素缺乏，引发贫血、水肿及免疫力下降。儿童患者可能出现生长发育迟缓，成人则伴随持续性体重减轻。反复炎症刺激可能形成肠壁溃疡、息肉或肠腔狭窄，严重时引发肠穿孔或梗阻，部分溃疡性结肠炎患者10年以上病程癌变率可达5%-10%。
慢性肠炎可能诱发全身性并发症。肠道菌群失衡产生的毒素可能经血液影响肝脏、关节等器官，部分患者伴随关节炎、结节性红斑或葡萄膜炎。长期腹泻导致电解质紊乱，可能引发心律失常或肾功能异常。病程超过8年的患者建议每年进行肠镜检查，克罗恩病患者需警惕肛周瘘管和脓肿形成。心理焦虑和睡眠障碍也是常见继发危害。
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