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肠胃炎对身体危害程度因类型和病程而异，及时治疗多数可恢复。
急性肠胃炎突发呕吐腹泻易引发脱水，严重时导致电解质紊乱和代谢性酸中毒。儿童每小时失水量可达体重的3%，可能出现嗜睡或抽搐。老年人脱水可能诱发急性肾损伤或低血容量性休克。诺如病毒等感染性肠胃炎具有强传染性，可能引发群体性爆发。但规范补液和休息后，3-5天症状通常缓解。
慢性肠胃炎长期存在会破坏肠道屏障功能，增加营养吸收障碍风险。持续炎症可能进展为肠溃疡或肠穿孔，粪钙卫蛋白检测值超过200μg/g需警惕癌变倾向。反复使用抗生素治疗可能引发耐药菌群失衡，导致伪膜性肠炎。病程超3个月者可能出现焦虑、失眠等肠脑轴功能紊乱表现，需结合心理干预治疗。
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