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幽门螺杆菌不是胃食管反流病的直接病因，两者存在复杂关联。
研究显示幽门螺杆菌感染可能降低胃酸分泌，反而减少部分患者的反流症状。携带CagA阳性毒力菌株的感染者，胃体炎症会削弱胃酸分泌功能，这类人群患胃食管反流的概率比未感染者低30%-40%。但根除幽门螺杆菌治疗后，约15%患者因胃酸分泌恢复反而出现反流症状加重现象。
胃食管反流主要源于下食管括约肌功能障碍、食管清除能力下降等机械因素。肥胖、妊娠、高脂饮食等才是更直接诱因。对于同时存在幽门螺杆菌感染和反流的患者，是否根除需个体化评估。若伴有胃溃疡或胃癌家族史，建议根除治疗；若反流症状突出且无其他并发症，保留幽门螺杆菌可能更有利于控制胃酸分泌平衡。
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