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低聚果糖主要为天然提取，生产工艺决定最终属性。
从菊苣根经酶法水解提取的属天然膳食纤维，通过GB/T23528认证的高纯度制剂（≥95%）残留单糖＜5%。蔗糖酶转化法生产的同样属天然来源，经色谱分离后纯度可达99%。合成型低聚果糖（如用果糖基转移酶催化）较少见，主要用于医药载体。
选购时需确认原料为非转基因菊苣，液态产品需添加山梨酸钾（≤0.1%）防止发酵产气。耐高温型经酯化修饰，可耐受180℃烘焙加工，活性成分损失率＜10%。糖尿病患者需选择纯度≥95%的制剂，避免混杂葡萄糖影响血糖波动。
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