益生菌的副作用可能包括胃肠道不适、过敏反应以及在特定情况下可能导致感染。

大多数情况下，益生菌被认为是安全的，但个别人在初次使用益生菌补充剂时可能会出现短暂的胃肠道不适症状，如腹胀、排气增多、轻微腹泻等。这些反应通常是由于肠道内原有的菌群正在适应新的益生菌成员，一般在几天到几周内会逐渐减轻或消失。如果症状持续或加重，建议停止使用并咨询医生。

对于那些对某些特定菌种过敏的人来说，服用含有相应益生菌的产品可能会引发过敏反应。过敏症状可能包括皮疹、瘙痒、呼吸困难等。因此，在开始使用新的益生菌补充剂之前，最好先了解其成分，并留意是否有任何不适反应。特别是儿童、孕妇以及免疫系统受损的人群，在使用益生菌前应咨询医生意见。

在极少数情况下，对于免疫功能低下的人群，如严重疾病患者、接受免疫抑制治疗者，摄入某些类型的益生菌可能会增加感染的风险。这是因为益生菌虽然是有益菌，但在特定条件下仍有可能成为条件性致病菌。因此，在这些特殊情况下，使用益生菌应格外谨慎，并在医疗专业人员的指导下进行。