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低聚果糖在食品中主要作为益生元和质构改良剂。
作为短链益生元，其可耐受胃酸直达结肠促进双歧杆菌增殖，每克低聚果糖能使有益菌数量提升10^7CFU/g。在烘焙食品中替代部分蔗糖，既能降低30%热量又能保持面团延展性，常用于无糖饼干和代餐棒。液态饮品添加量控制在3%-5%，可增强口感顺滑度并延长保质期。
在婴幼儿配方食品中具有双重功能，既调节肠道菌群又促进钙质吸收。实验表明含低聚果糖的奶粉可使钙生物利用率提高18%，同时减少40%的便秘发生率。肉制品加工时添加0.2%-0.5%浓度，通过与蛋白质交联作用改善质地，减少磷酸盐类添加剂的使用量。
需注意高温加工可能导致部分分解，80℃以上环境持续加热会损失15%-20%活性成分。与益生菌配合使用时，建议在发酵工序后期添加，避免抑制菌种活性。糖尿病患者选择产品时应确认不含混杂单糖，纯度≥95%的制剂升糖指数仅为2。
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