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低聚果糖属于益生元，二者在概念范围和特性上有差别。
益生元是一类无法被人体消化吸收，但能选择性刺激肠道有益菌生长繁殖的物质，是宽泛概念，包含多种成分。益生元通过调节肠道菌群，改善肠道微生态环境，对人体健康产生有益影响，如增强肠道屏障功能、促进营养吸收等。
低聚果糖是益生元的一种，由2-9个果糖分子通过糖苷键连接而成，有独特化学结构。低聚果糖不能被人体小肠消化酶分解，可直接进入大肠，被双歧杆菌、乳酸菌等有益菌利用，为其提供生长能量，促进有益菌大量繁殖，抑制有害菌生长，调节肠道菌群平衡。
应用上，益生元广泛用于食品、保健品领域，改善产品营养特性，提升对肠道健康的益处。低聚果糖常作为益生元典型代表，添加到各类食品中，如酸奶、饼干等，既能赋予产品益生元功能，又能提供一定甜味，改善口感。所以，低聚果糖是益生元范畴内一种具体物质，有益生元共性和自身独特性质。
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