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慢性肠炎本身不具有传染性，但特定病因引发的慢性肠炎可能传播病原体。
由自身免疫异常、药物损伤或遗传因素导致的慢性肠炎不会传染，例如溃疡性结肠炎或克罗恩病。这类疾病源于免疫系统错误攻击肠道组织，或长期服用非甾体抗炎药引发的黏膜损伤，不存在病原体传播途径。患者日常接触、共用餐具或亲密行为均不会造成疾病转移，但需注意避免肠道刺激因素加重病情。
若慢性肠炎由持续性感染引起，如结核分枝杆菌、溶组织阿米巴原虫或某些寄生虫感染，则可能通过粪口途径传播。这类患者粪便中含有活性病原体，若污染水源或食物可能造成人际传播。幽门螺杆菌相关的肠炎虽主要定植于胃部，但可通过唾液或呕吐物传播。确诊感染性慢性肠炎后，患者需单独使用餐具并严格洗手，直至完成规范治疗且病原体检测转阴。
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