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NADH与NADPH的核心区别在于功能定位与代谢路径参与。
NADH主要参与分解代谢中的能量转化，线粒体电子传递链中每分子NADH可生成2.5个ATP。其浓度在细胞质基质中占比达80%，直接驱动三羧酸循环和氧化磷酸化过程。骨骼肌细胞中NADH/NAD+比值达到1:1000时，糖酵解速率提升3倍。在肝脏解毒过程中，NADH通过细胞色素P450系统促进毒素羟化反应，使药物代谢效率提高40%。
NADPH专司合成代谢与抗氧化系统，提供生物合成的还原力。脂肪酸合成中每合成1分子软脂酸需消耗14分子NADPH，其还原能力比NADH强1.7倍。谷胱甘肽还原酶依赖NADPH再生氧化型谷胱甘肽，使红细胞抗氧化能力提升90%。光合作用中NADPH在卡尔文循环固定1分子CO₂需消耗2分子NADPH，其合成速率比线粒体NADH生成快5倍。
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