手指甲有凹陷的原因很多，以下是一些常见的原因：

1.缺乏营养

如果身体缺乏一些必要的营养物质，如蛋白质、铁、锌等，就会导致指甲出现凹陷。因此，要保持健康的指甲，就需要保证身体摄入足够的营养物质。

2.感染

指甲感染也是导致手指甲有凹陷的原因之一。如果指甲周围的皮肤受到感染，就会导致甲沟炎，从而引起指甲凹陷。

3.创伤

手指甲受到创伤也会导致指甲出现凹陷。如果手指甲受到重物的挤压或碰撞，就会导致指甲表面出现凹陷或凸起。

4.药物副作用

某些药物的副作用也会导致手指甲出现凹陷。例如，一些抗生素、抗癌药物等，都可能会导致指甲出现凹陷或凸起。

5.疾病

手指甲有凹陷还可能是某些疾病的表现。例如，贫血、甲状腺功能减退症、铁代谢障碍等疾病都可能导致指甲出现凹陷。

以上是手指甲有凹陷的一些常见原因，如果你发现自己的手指甲出现了凹陷，可以根据具体情况采取相应的措施。例如，如果是因为营养不足导致的，可以适当增加营养摄入；如果是因为感染导致的，可以及时治疗感染；如果是因为药物副作用导致的，可以咨询医生是否需要更换药物。