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长期亚健康状态可能诱发代谢综合征、心血管疾病及免疫系统紊乱。
持续亚健康会破坏能量代谢平衡，导致胰岛素抵抗和内脏脂肪堆积，5年内发展为糖尿病的风险提升3-5倍。睡眠质量差引发的昼夜节律紊乱，使血管内皮功能下降，40岁以下人群出现颈动脉斑块的概率增加2倍。免疫细胞活性受抑制时，EB病毒、HPV等潜伏感染复燃概率升高，肿瘤免疫监视功能减弱。
神经内分泌系统长期代偿可能引发器质性病变。下丘脑-垂体-肾上腺轴持续亢进，可能诱发甲状腺功能减退或肾上腺疲劳。肠道菌群紊乱导致的慢性低度炎症，会加速动脉粥样硬化进程，并增加溃疡性结肠炎风险。心理亚健康超过2年者，焦虑症和抑郁症的发病率较健康人群高4-7倍，部分患者可能出现神经性厌食或暴食症等进食障碍。
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