HPV病毒目前没有绝对“最好”的药物，治疗需结合感染类型、症状严重程度及个体差异综合判断。

临床上常用的药物包括干扰素类（如重组人干扰素α2b凝胶）、保妇康栓、咪喹莫特乳膏等。干扰素通过激活局部免疫功能抑制病毒复制，适用于高危型HPV感染；保妇康栓以中药成分为主，侧重调理阴道微环境；咪喹莫特乳膏则通过刺激免疫反应清除疣体。此外，氟尿嘧啶软膏、鬼臼毒素软膏等外用药物也用于尖锐湿疣等表浅病变。需注意，药物疗效因人而异，部分患者可能需要联合治疗（如药物+物理治疗）。

治疗方案需优先考虑个体健康状况和医生评估。例如，免疫调节剂（如胸腺肽、转移因子）适合免疫力低下者，激光或冷冻等物理治疗适用于疣体较大或药物无效的情况。同时，HPV疫苗（二价、四价、九价）是预防感染和复发的关键手段，尤其建议未感染者及早接种。用药期间应定期复查，监测病毒载量变化，避免自行停药或更改剂量。若症状持续或加重，需及时就医调整治疗策略。