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急性肠胃炎需根据病因选择药物，不存在普适性“最好”药物，需对症治疗。
细菌性肠胃炎确诊后需用抗生素，如诺氟沙星、头孢克肟等，但病毒性肠胃炎使用抗生素无效且可能加剧肠道菌群紊乱。呕吐严重时短期服用多潘立酮等止吐药可缓解症状，蒙脱石散通过吸附毒素和水分改善腹泻，但需与抗生素间隔2小时服用。口服补液盐是基础治疗，能纠正脱水并调节电解质平衡。
用药需避免误区。洛哌丁胺等强效止泻药可能抑制肠道排毒，仅建议无发热、血便的轻症患者短期使用。益生菌制剂可辅助恢复菌群，但应选择耐胃酸的布拉氏酵母菌或双歧杆菌。腹痛剧烈时谨慎使用山莨菪碱，可能掩盖急腹症病情。儿童、孕妇及肝肾功能异常者用药需严格遵医嘱，自行购药可能延误治疗或引发不良反应。
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