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肠道内的益生菌大致可以分为三大类：乳杆菌属、双歧杆菌属以及芽孢杆菌属。
乳杆菌属是肠道中最常见的益生菌之一，包括了嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌等成员。这类益生菌能够产生乳酸，有助于维持肠道内的酸性环境，抑制有害菌的生长。它们还能够帮助分解食物中的蛋白质和乳糖，促进营养物质的吸收。
双歧杆菌属则是另一类重要的益生菌，常见的有长双歧杆菌、短双歧杆菌等。双歧杆菌在肠道中占据了较大比例，尤其在婴儿时期更为显著。它们通过发酵膳食纤维产生短链脂肪酸，为肠壁细胞提供能量，同时促进肠道蠕动，帮助改善便秘问题。
芽孢杆菌属，如枯草芽孢杆菌，虽然在数量上不如前两类益生菌那样占据主导地位，但它们能够在肠道内形成芽孢，具有较强的生存能力。芽孢杆菌在适宜条件下能够快速繁殖，恢复肠道菌群平衡。此外，还有一些其他的益生菌，如酵母菌等，虽然不属于上述三大类，但在特定条件下也能发挥积极作用。
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