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慢性肠炎需持续用药3-6个月，部分患者需终身维持治疗。
溃疡性结肠炎等慢性肠炎的药物治疗分为诱导缓解期和维持期。活动期患者通常需要8-12周的强化治疗，使用美沙拉嗪、糖皮质激素等药物控制炎症。临床症状消失后仍需维持治疗6-24个月，过早停药会导致60%以上患者1年内复发。克罗恩病患者因肠道病变较深，维持期可能延长至2-3年，生物制剂使用者需定期评估药物应答。
具体疗程受病变范围、基因型及治疗反应影响。左半结肠炎患者维持治疗时间常比直肠型延长50%。携带NOD2基因突变者易复发，需更长期用药。治疗期间每3个月需复查钙卫蛋白、肠镜评估黏膜愈合情况，完全黏膜愈合者可逐步减量。饮食管理需与药物治疗同步，低FODMAP饮食能减少30%复发风险，但不可替代药物作用。
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