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益生菌对部分类型肠胃炎有辅助治疗作用。
急性病毒性肠胃炎患者服用特定菌株可缩短腹泻持续时间约12-24小时，主要通过竞争性抑制病原体定植。细菌性肠胃炎需在抗生素治疗结束2小时后补充益生菌，避免药物灭活有益菌。选择含乳杆菌和双歧杆菌的复合制剂效果更佳，单日剂量需达到10^9CFU以上才具备临床意义。
慢性肠胃炎伴随肠道菌群紊乱时，持续4周以上补充益生菌可改善腹胀和排便异常。但需配合低FODMAP饮食，避免高纤维食物抵消益生菌效果。重症患者或免疫缺陷者慎用，可能引发菌血症。益生菌保存不当易失活，冲泡水温超过40℃会杀死80%活性菌，建议选择耐酸耐胆盐的冻干粉制剂。
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