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慢性肠炎用药需结合病因选择抗菌、抗炎或调节肠道菌群类药物，中西医结合效果更佳。
针对细菌性肠炎，首选左氧氟沙星、诺氟沙星等喹诺酮类抗生素，配合双歧杆菌活菌胶囊调节菌群平衡。美沙拉嗪肠溶片等氨基水杨酸类药物能有效缓解肠道炎症，适用于溃疡性结肠炎患者。黏膜保护剂如蒙脱石散可吸附毒素并修复肠道屏障，与益生菌联用能缩短腹泻周期。
中西医结合方案在临床验证中表现突出。清肠化湿汤（含黄连、白芍等）配合美沙拉嗪口服，总有效率可达94%。肠炎宁、补脾益肠丸等中成药能改善腹痛腹胀，灌肠方剂（含黄柏、三七粉）直接作用于病灶促进黏膜愈合。治疗期间需避免辛辣食物，定期复查调整用药方案，免疫调节剂应在医生指导下规范使用。
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