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急性肠胃炎通常无需手术，仅极少数并发症需外科干预。
超过99%的急性肠胃炎通过补液、抗生素或抗病毒治疗可痊愈。手术仅适用于肠道穿孔、肠梗阻或坏死性肠炎等严重并发症。例如沙门氏菌感染引发肠穿孔时，CT显示膈下游离气体需立即剖腹探查。术后需禁食并静脉营养支持，肠造瘘护理周期约3-6个月。婴幼儿爆发性坏死性小肠结肠炎死亡率高达25%，手术清除坏死段是保命关键。
误诊为肠胃炎的外科急症需警惕。阑尾炎初期症状与肠胃炎相似，若72小时内腹痛转移至右下腹伴反跳痛，腹腔镜探查可明确诊断。肠套叠患者果酱样便与喷射状呕吐易混淆肠胃炎，空气灌肠复位失败后需开腹手术。免疫缺陷患者感染巨细胞病毒可能引发肠道溃疡大出血，血管介入栓塞或肠切除是有效手段。
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