医用口罩有菌和无菌主要有以下区别：

1.生产环境：有菌医用口罩在生产时，车间没有洁净度要求，而无菌医用口罩在生产过程中，车间需要保持无菌状态。

2.灭菌程度：有菌医用口罩一般在环氧乙烷灭菌后进行封装，而无菌医用口罩在经过严格的灭菌程序后进行封装。

3.微生物指标：有菌医用口罩的微生物指标一般符合国家相关标准，而无菌医用口罩的微生物指标需要达到无菌状态。

4.使用范围：有菌医用口罩适用于普通医疗环境，而无菌医用口罩适用于手术室等需要严格控制微生物环境的医疗场所。