鱼胶原与猪、牛胶原蛋白的氨基酸种类相差不大，均含有18种氨基酸，其中7种为人体必须氨基酸。其中，羟脯氨酸(Hyp)作为胶原蛋白特有的氨基酸之一，猪和牛胶原蛋白中Hyp的含量明显高于鱼类。Hyp的含量越高，胶原蛋白维持三股螺旋结构的能力越强，所以Hyp含量的高低可作为胶原蛋白鉴别的指标之一，即服用相同量的这两类胶原蛋白，效果是有差异的。但是猪、牛胶原蛋白含有较多脂肪，提取成本较高，因此鱼类胶原蛋白的使用更为频繁。