肉毒杆菌的芽孢广泛分布于土壤，泥浆，下水道污物，沼泽沉淀物；湖水，近海海水，动物鱼类的肠道消化物中。蔬菜水果也可能被土壤中的肉毒杆菌芽孢所污染，鱼类体内的芽孢主要受水和沉淀物影响。我们吃的食物中含的肉毒杆菌芽孢可能来自以上各种地方，肉毒杆菌芽孢在合适的温度、适度、营养物质等适于生长的环境下时就会开始繁殖，产生肉毒杆菌。 肉毒杆菌A型和B型芽孢更多地分布于土壤，下水道污物和动物排泄物中；而肉毒杆菌E型芽孢则更多地在海洋环境中被发现。在美国，A型芽孢主要分布在西部而B型芽孢更多地分布在东部。