引起功能性便秘一般来说与肠道菌失调密切相关，多半互为因果。成其是肠道外籍菌（或过路菌）等腐败菌增加，其产生相应有毒代谢产物如胺、酚、吲哚类等物质。通过调整肠道正常菌群，恢复肠道正常菌群平衡，使腐败菌数量大大减少，而其有毒代谢产物吸收减少，从而使便秘症状得以缓解。尤其补充双歧杆菌等原籍菌，其产生乙酸和乳酸PH值为
2.8~
3.1,使肠道呈酸性，其结果能控制由有害菌引起的异常发酵，并且刺激肠蠕动，从而减少水分的过度吸收而缓解便秘症状，还可以复活机体免疫功能，有利于调整内分泌——免疫功能恢复，恢复肠道蠕动功能从而缓解便秘等症状。