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绝大多数急性肠胃炎可以根治，及时规范治疗通常不会遗留长期问题。
急性肠胃炎多由病毒、细菌感染或食物中毒引发，病原体被清除后肠道功能可完全恢复。病毒性肠胃炎患者通过补液、休息等措施，3-5天即可恢复肠道正常菌群。细菌感染引起的病症在使用敏感抗生素治疗1周后，肠黏膜修复程度可达95%以上。免疫力正常的患者及时纠正脱水并避免刺激性饮食，消化道黏膜通常7-10天完成再生，消化酶分泌水平回归正常。
治疗延误或不当可能影响根治效果。持续腹泻超过2周可能发展为慢性肠炎，这类情况多见于未彻底清除寄生虫感染或滥用止泻药的患者。婴幼儿、老年群体若并发严重电解质紊乱，可能遗留暂时性乳糖酶缺乏等问题。根治关键点在于精准识别病原体：细菌性感染需足疗程抗生素治疗，病毒性感染以支持治疗为主。
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