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轻度病毒性肠胃炎可能自愈，细菌感染或重症需及时治疗。
病毒性肠胃炎患者若免疫系统正常，通过充分补液和饮食调整，3-5天内症状可自行缓解。轮状病毒或诺如病毒感染时，机体产生的IgA抗体能在72小时内清除大部分病原体。但每日呕吐超过5次或腹泻超过10次的患者，自愈过程中可能因严重脱水导致电解质失衡，需静脉补液干预。
细菌性肠胃炎自愈风险较高。沙门氏菌、志贺氏菌等病原体产生的内毒素会持续损伤肠黏膜，未规范使用抗生素可能转为慢性感染。体温超过38.5℃持续24小时提示可能存在菌血症，不及时治疗可能引发中毒性休克。血便、意识模糊或尿量减少至400毫升/日以下均为危险信号，应立即就医而非等待自愈。
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