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慢性肠炎可能引发营养不良、肠道恶变及全身并发症。
长期肠道炎症会破坏肠黏膜吸收功能，导致蛋白质、维生素B12等关键营养素流失。患者常出现体重下降、贫血、低钾血症等症状，儿童可能伴随生长发育迟缓。肠壁反复溃疡修复过程中，异常增生的细胞可能发展为肠息肉甚至结肠癌，数据显示慢性溃疡性结肠炎患者癌变风险比常人高5-10倍。
炎症因子持续释放还会累及其他器官。约30%患者会并发关节炎或皮肤结节性红斑，严重时可能诱发原发性硬化性胆管炎。肠道屏障功能受损使细菌毒素更易进入血液，增加肝肾功能负担。病程超过8年的患者普遍存在焦虑抑郁倾向，这与长期腹痛腹泻引发的睡眠障碍及社交退缩密切相关。
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