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慢性肠炎的病因主要包括感染性因素、食物不耐受、遗传易感性、精神压力及药物滥用等。
感染是慢性肠炎最常见的诱因。细菌如沙门氏菌、痢疾杆菌可破坏肠道黏膜，导致持续炎症；病毒如轮状病毒或诺如病毒通过刺激免疫反应引发病变。真菌和寄生虫感染则多见于免疫力低下人群，长期侵蚀肠道组织。饮食不洁或误食有毒物质会直接损伤消化道，而高蛋白高脂肪饮食加重消化负担，间接诱发炎症反复发作。
非感染因素同样不可忽视。遗传基因突变可能削弱肠道防御能力，增加感染和过敏风险。长期精神紧张会扰乱自主神经，影响胃肠蠕动和消化液分泌，形成恶性循环。滥用抗生素破坏菌群平衡，非甾体抗炎药或放射治疗可造成化学性损伤。食物不耐受如乳糖或麸质过敏会引发免疫超敏反应，导致黏膜充血水肿甚至糜烂出血。
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