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部分慢性肠炎可临床治愈，但易复发；部分类型无法根治，需长期管理。
感染后肠炎、药物性肠炎等继发性慢性肠炎，在消除诱因并规范治疗后可能达到临床治愈。而溃疡性结肠炎、克罗恩病等炎症性肠病属于自身免疫异常疾病，当前医学手段无法完全修复异常的免疫应答，这类肠炎难以根治。基因易感性、肠道菌群紊乱和免疫系统错误攻击肠黏膜的机制，导致疾病反复发作甚至进行性加重。
规范治疗可使80%以上患者实现症状缓解。氨基水杨酸制剂、生物制剂等药物能有效控制炎症活动，但停药后复发率高达50%。维持治疗需持续1-2年，配合低发酵短链碳水化合物饮食方案。肠黏膜愈合是降低复发率的关键指标，需定期肠镜监测。心理压力、抗生素滥用等诱因管控同样重要，综合管理能使部分患者实现长期无症状生存。
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