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轻度肠道菌群失调可能自愈。
健康人群短期饮食失衡或压力引起的菌群紊乱，通常通过自身调节恢复。每日摄入30克膳食纤维（如燕麦、苹果）可为有益菌提供营养，改善菌群结构。发酵食品如酸奶、泡菜含乳酸菌，能暂时补充肠道菌种。充足睡眠和规律作息帮助恢复肠道节律，建议每晚保持7小时深度睡眠。轻度腹泻或便秘症状多在1-2周内缓解，期间需避免高脂高糖饮食加重失衡。
长期使用抗生素、慢性肠炎或免疫缺陷者难以自愈。抗生素会无差别杀灭细菌，导致艰难梭菌等致病菌过度增殖，引发伪膜性肠炎，需通过粪便菌群移植治疗。糖尿病患者肠道pH值改变，特定菌群消亡后无法自行再生。出现持续腹痛、血便、体重下降时，需进行肠镜和菌群检测。临床常用益生菌制剂如双歧杆菌三联活菌，需冷藏保存且连续服用4周以上。
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