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肠炎可能引发脱水、营养不良、肠道穿孔及癌变风险，严重时危及生命。
急性肠炎频繁呕吐腹泻会导致体液大量流失，引发低血容量性休克，儿童和老年人尤其危险。电解质紊乱可能诱发心律失常，血钾低于2.5mmol/L时可能引发呼吸肌麻痹。细菌性肠炎产生的内毒素入血，可能引发感染性休克或多器官衰竭，死亡率可达30%。
慢性肠炎持续损伤肠黏膜，导致乳糖酶等消化酶缺乏，出现乳糜泻、蛋白质漏出症。长期营养吸收障碍会引起缺铁性贫血、维生素B12缺乏性神经炎。溃疡性结肠炎患者10年以上病程癌变率增加20倍，克罗恩病可能并发肠梗阻或瘘管。肠道屏障功能受损还会引发食物过敏和自身免疫性疾病，如强直性脊柱炎发病率较常人高3-5倍。
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