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肠炎主要分为感染性、非感染性及其他特殊类型三大类。
感染性肠炎由病原体入侵引发，包含病毒性、细菌性、真菌性和寄生虫性四种。病毒性肠炎常见轮状病毒和诺如病毒，多发于婴幼儿；细菌性肠炎以沙门氏菌、大肠杆菌为主，常见食物中毒；真菌性肠炎多由白色念珠菌引起，寄生虫性常见于蛔虫或阿米巴原虫感染。这类肠炎多通过粪口传播，呈现发热、水样便或脓血便等特征。
非感染性肠炎包括免疫异常引发的溃疡性结肠炎、克罗恩病，以及缺血性、放射性肠炎等特殊类型。溃疡性结肠炎以反复黏液脓血便为特点，克罗恩病易引发肠瘘；缺血性肠炎多发于动脉硬化患者，放射性肠炎常见肿瘤放疗后。特殊类型还包含药物性肠炎，多因抗生素滥用导致肠道菌群失衡。
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