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百香果主要有四大品种。
黄色百香果是常见品种之一，它果实较大，成熟时果皮呈鲜明的黄色。果汁含量极高，能达到45%左右，不过酸度较强，甜度相对较低，风味独特。这种百香果适应性强，在热带、亚热带地区生长旺盛，对土壤要求不苛刻，还较抗病虫害，但它的花朵自花授粉难度大，通常需要人工辅助授粉来保障产量。
紫色百香果果实偏小，成熟后呈紫红色，果汁含量约30%，甜度高、香气浓。它耐寒性稍好，低温环境也能有收成，不过抗病虫能力欠佳。紫红色百香果为杂交品种，融合二者优势，果实适中，果汁丰富，甜度、酸度平衡佳，香气足，植株健壮，适应范围广。还有野生百香果，个头小、果实酸涩，多野生，人工栽培少，却是品种改良的天然基因库。
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