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慢性肠炎恢复期通常在1-6个月，重症或免疫性肠炎需持续治疗数年。
感染性肠炎转为慢性后，规范使用抗生素配合益生菌治疗，约60%患者在4-8周症状显著改善。溃疡性结肠炎等免疫性疾病需长期服用氨基水杨酸类药物，临床缓解期需3-6个月，肠道黏膜完全愈合可能延长至1年以上。治疗期间擅自停药或饮食失控会导致病情反复，实际恢复时间常比预期延长30%-50%。
肠道修复速度与治疗手段直接相关。生物制剂治疗中重度克罗恩病，约70%患者8-12周实现临床应答，但维持治疗需持续2年以上。微生态移植等新型疗法可将部分耐药性肠炎恢复期缩短至3个月内。治疗3个月后若仍有持续腹泻或便血，需调整方案并排查肠结核等特殊感染。定期肠镜复查是判断真实恢复进度的重要依据，症状缓解不等同于炎症消失。
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