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低聚果糖不是果糖，两者在结构和性质上差异明显。
结构方面，果糖是单糖，分子结构简单。低聚果糖由2-9个果糖分子通过糖苷键连接成低聚糖，分子结构更复杂。这种结构差异决定它们在人体内代谢途径和功能不同。
性质上，果糖甜度高，在人体内能被快速吸收利用，升高血糖速度相对快。低聚果糖甜度低，难被人体小肠消化酶分解，大多直接进入大肠。在大肠中，低聚果糖可作益生元，被肠道内双歧杆菌、乳酸菌等有益菌利用，促进有益菌生长繁殖，调节肠道菌群平衡，对血糖影响小。
在应用上，果糖常作甜味剂广泛用于食品和饮料行业，增加产品甜度。低聚果糖除提供一定甜味外，更多因其益生元特性，用于改善食品营养功能，促进肠道健康。所以，低聚果糖和果糖在多方面区别显著。
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