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轻度急性肠炎可能自愈，慢性或感染性肠炎需及时治疗。
病毒性肠炎或饮食不当引发的轻度肠炎，患者通过调整饮食、充分休息，肠道黏膜可在3-5天自我修复。期间需补充水分及电解质，避免摄入乳制品、高纤维食物。但若腹泻每日超过6次或持续72小时未缓解，机体可能出现脱水或电解质紊乱，此时必须就医干预，不可依赖自愈。
细菌性、寄生虫性肠炎无法自愈，需针对性用药。沙门氏菌、阿米巴原虫等病原体引发的感染，未经抗生素或驱虫治疗可能转为慢性或引发肠穿孔。溃疡性结肠炎、克罗恩病等慢性肠炎具有进行性特征，拖延治疗会导致肠道狭窄或癌变风险升高。婴幼儿、老年人或免疫力低下群体出现肠炎症状，无论轻重均建议尽早就诊明确病因。
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