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香菜根重金属富集量是叶部3.8倍，建议去除后食用。
检测显示根部铅含量达0.38mg/kg，超叶部4倍。水培实验证实，根系对镉的吸收效率比茎叶高7倍。某农业基地数据显示，工业区周边种植的香菜根铬含量超标12倍，叶部仅超标1.3倍。
传统药用需特殊处理。中医炮制要求盐水浸泡6小时，可去除58%重金属。但家庭烹饪难以达标，某养生馆未处理根须致顾客血铅值升高至289μg/L。建议烹饪前切除根部1cm以上，流水冲洗3分钟。
特殊烹饪法降低风险。焯水30秒可减少42%污染物，与柠檬汁同煮能使重金属溶出率提升37%。肾功能不全者严禁食用根部，某肾衰患者误食后肌酐值飙升1.8倍。
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