左旋肉碱有适宜人群和服用禁忌，并非所有类型的肥胖者都可以对它抱有期待。如肝病、肾病患者要谨慎服用左旋肉碱，因为它会促进脂肪的代谢，可能会加大肾脏和肝脏的负担。
总体建议以下人群不要服用左旋肉碱：经期女性、肝病和肾病患者、高血压和心脏病患者、孕期及哺乳期妇女、少年儿童及身体极度虚弱的人士。
此外，左旋肉碱虽号称并无副作用，但有些人服用后仍有发热、汗多、口渴、头晕、失眠等反应，因此服用时一定要适量，如有不适马上停用。还要避免在晚上临睡前服用，因为它可能会使人难以入睡。