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肠炎会导致营养吸收障碍、电解质失衡及免疫紊乱，长期可能引发严重并发症。
急性肠炎破坏肠道黏膜屏障，减少消化酶分泌，造成腹痛腹泻、水分和电解质大量流失。钠钾离子失衡可能引发肌肉痉挛或心律失常，儿童及老年人易出现脱水性休克。肠道菌群失调加剧炎症反应，病原体毒素入血可导致发热、乏力等全身症状，严重时引发败血症。
慢性肠炎持续损伤肠壁，降低维生素B12、铁等营养素吸收，导致贫血、骨质疏松。反复炎症刺激增加肠息肉或癌变风险，溃疡性结肠炎患者癌变率较常人高5-10倍。肠道免疫细胞过度激活可能诱发关节炎、皮疹等肠外病变。病程超8周的肠炎患者常伴随焦虑抑郁，与脑肠轴功能紊乱密切相关。
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