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胃食管反流主要由食管下括约肌功能异常和胃内压力失衡引发。
食管与胃连接处的括约肌如同阀门，正常进食时开启允许食物下行，其余时间闭合防止胃酸反流。当括约肌松弛或收缩力减弱时，胃酸、胆汁等消化液易倒灌食管。肥胖者腹内压增高会将胃内容物向上推挤，妊娠后期子宫膨大压迫胃部也会产生类似效应。部分人群先天性膈肌食管裂孔宽大，胃体部分移位至胸腔形成食管裂孔疝，直接破坏抗反流屏障。
胃酸分泌异常和食管自洁能力下降加剧反流风险。高脂饮食刺激胆囊收缩素分泌，延缓胃排空时间，增加胃内压。吸烟者的尼古丁会降低括约肌张力，酒精、咖啡因则刺激胃酸过量分泌。长期服用降压药钙离子拮抗剂或安眠药地西泮，可能干扰括约肌神经调控。平躺姿势使重力抗反流作用消失，夜间反流症状常更严重，食管黏膜长时间浸泡在酸液中易形成溃疡。
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