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胃食管反流长期反复发作可能增加癌变风险，但概率较低。
胃食管反流病若长期未得到控制，胃酸持续刺激食管黏膜可能导致巴雷特食管病变。巴雷特食管是食管腺癌的癌前病变，统计显示约0.5%-1%的患者会进展为癌症。反流频率越高、病程越长，食管黏膜细胞异常增生的风险越大。每周出现两次以上反流症状且持续5-10年的人群，建议通过胃镜进行病理筛查。
预防癌变需及时干预基础病情。质子泵抑制剂联合生活方式调整可有效减少胃酸分泌，夜间抬高床头、避免睡前进食能降低反流频率。确诊巴雷特食管的患者需每1-3年接受内镜监测，发现低度异型增生时可采用射频消融治疗。若出现吞咽疼痛、呕血或消瘦等症状，应立即就医排查恶性病变可能。
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