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规范治疗的慢性肠炎一般不会显著缩短寿命。
慢性肠炎患者若坚持规范治疗并调整生活方式，肠道炎症能得到有效控制，消化吸收功能可维持在正常水平。通过定期复查肠镜、合理使用抗炎药物及益生菌，多数患者能避免肠道黏膜持续损伤。需警惕的是溃疡性结肠炎等特定类型，长期活动性炎症可能增加结肠癌变风险，但10年内规范监测者癌变率通常低于3%。
未及时干预的重度慢性肠炎可能导致严重营养不良、电解质紊乱或肠穿孔。长期腹泻会造成蛋白质和维生素流失，削弱免疫系统功能，增加感染性疾病风险。反复出血可能引发贫血，影响心肺功能。心理因素也起重要作用，焦虑抑郁情绪可能通过脑肠轴加重炎症反应，形成恶性循环。
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