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感染性肠炎通常可根治，非感染性肠炎需长期管理但可控。
细菌、病毒或寄生虫引起的急性感染性肠炎，在明确病原后使用针对性药物（如抗生素、抗病毒药）配合肠道黏膜保护剂，一般2-4周可完全恢复。治疗期间需严格执行低渣饮食，避免乳糖和咖啡因摄入，同时补充电解质平衡肠道环境。及时完成完整疗程，避免症状缓解后自行停药，是防止复发和慢性化的关键。
自身免疫性疾病相关的慢性肠炎（如溃疡性结肠炎）虽无法彻底治愈，但通过规范治疗可长期无症状。治疗方案包括阶段性使用美沙拉嗪、激素调节免疫反应，联合益生菌改善菌群平衡。患者定期监测炎症指标，调整饮食结构（如低FODMAP饮食），多数能维持正常工作和生活，肠镜复查显示黏膜愈合比例逐年提升。
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