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低聚果糖和低聚异麦芽糖在来源、成分、特性和功能上有差异。
来源方面，低聚果糖主要从菊苣、菊芋等植物中提取获得；低聚异麦芽糖则以淀粉为原料，经酶转化而成。成分上，低聚果糖由果糖分子通过特定糖苷键连接构成；低聚异麦芽糖由葡萄糖分子以α-1,6糖苷键为主连接而成。
特性与功能也不同。低聚果糖甜度约为蔗糖的30%-60%，是益生元，能促进肠道有益菌生长，改善肠道微生态，在缓解便秘等方面有作用。低聚异麦芽糖甜度为蔗糖的42%，保湿性好，也有一定益生元作用，但相对而言，低聚果糖对肠道有益菌的选择性更强。在食品应用中，低聚果糖常用于调节肠道功能的产品，低聚异麦芽糖更多用于改善食品品质，如保湿、延长保质期等，二者各有独特用途。
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