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橙子是柚子和宽皮橘自然杂交的产物。
柑橘属植物存在复杂的杂交关系，基因测序显示甜橙基因组中约25%来自柚子，75%来自宽皮橘。这种自然杂交发生在约3000年前的东南亚地区，野生柚与当地柑橘属植物偶然授粉后形成原始橙种。杂交后代结合了柚子的多汁特性与橘子的易剥皮特征，果肉囊泡结构介于两者之间。
现代栽培橙在此基础上经历多次改良。公元14世纪葡萄牙人将酸橙引入欧洲，通过与当地柑橘品种二次杂交培育出甜橙。脐橙等品种则是甜橙芽变产生的栽培变种，其基因组成仍保留原始杂交特征。柑橘属植物普遍具有2n=18染色体，橙子与亲本染色体结构高度同源，杂交可育性验证了其起源关系。
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